吉林动画学院根据国家文化事业、产业发展和通用航空产业发展趋势，以及应用型人才培养需要，紧密依托产业群组建专业群，按照产业链布局设置培养方向，调整专业结构，优化资源配置，实现专业（集群）与产业群的有效对接。学校现有12个专业学院和覆盖文学、艺术学、工学、管理学、经济学五个学科门类共34个本科专业，其中国家级特色专业1个；省级特色高水平专业3个、省级特色专业3个、省级品牌专业3个、省级创新创业教育改革试点专业4个、省级卓越工程师教育培养计划试点专业1个；省级“十二五”优势特色重点学科1个（设计艺术学），省级特色高水平学科“优势特色学科”1个（设计学）。形成了以动漫游类专业为龙头，其它艺术类专业为主体，文学、管理学、工学、经济学协调发展，优势互补，相互支撑的学科专业布局。